Bioinformatika: den otevřených dveří nového studijního oboru

V posledních letech produkují biologové čím dál více dat – sekvenují DNA, RNA i proteiny, zkoumají prostorovou strukturu proteinů nebo jejich interakce s dalšími molekulami, analyzují kompletní dědičnou informaci (genom) mnoha organismů.

Jak roste objem dat, roste také poptávka po lidech, kteří se v té záplavě umí vyznat a dokážou z ní „vytáhnout“ užitečné informace. Takové informace, které například objasní evoluci života, pomohou vyvinout nový lék nebo identifikují geny zodpovědné za výnos plodiny či dědičnou chorobu člověka.

Jedním z těchto vysoce oceňovaných specialistů – bioinformatiků – se můžete stát i vy. Přírodovědecká a Matematicko-fyzikální fakulta Univerzity Karlovy v Praze totiž společně připravily nový obor bakalářského studia nazvaný Bioinformatika.

Obor se poprvé otevírá v akademickém roce 2015/16. Studium bude probíhat z poloviny na Přírodovědecké a z poloviny na Matematicko-fyzikální fakultě UK. Podrobnější informace najdete na webu Bioinformatiky. Aktuality můžete sledovat i na facebookové stránce.

Přečtěte si také rozhovor s biology Pavlem Stopkou a Marianem Novotným, kteří jsou na naší fakultě hlavními postavami nového oboru.

Přihlášku ke studiu si můžete podat do 20. května 2015. Před tím vás ale zveme na Den otevřených dveří, kde se o bioinformatice dozvíte všechno, co byste chtěli vědět.

Den otevřených dveří proběhne ve čtvrtek 23. dubna 2015 od 10:00 do 13:30 hodin. Koná se v budově biologické sekce Přírodovědecké fakulty UK (Viničná 7, Praha 2, přízemí, posluchárna Fotochemie).

Program:

10:00–10:50 Bioinformatika – přirozené spojení

Prudký rozvoj (molekulární) biologie a informatiky v posledních letech má na svědomí, že se tyto dříve oddělené disciplíny začaly vzájemně nejen přibližovat a inspirovat, ale především vyžadovat. Most mezi biologií a informatikou staví právě bioinformatika. Co je jejím předmětem a proč by vás mohla zajímat?

10:50–11:05 Studium bioinformatiky na Univerzitě Karlově v Praze

Stručně vás seznámíme s detaily přijímacího řízení a s organizací studia.

11:05–11:30 Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst

Funkce libovolného proteinu je určena jeho interakcí s dalšími molekulami. Tyto interakce probíhají na specifických místech na povrchu proteinu. Pro mnoho proteinů je známa jejich 3D struktura, ale ne již jejich aktivní místa. V této přednášce představíme algoritmus vyvinutý na Matematicko-fyzikální fakultě UK, který je schopen tato místa určit pomocí strojového učení.

11:30–12:00 Velká data a hledání stromu života

Evoluce života je jedním z nejstudovanějších biologických problémů již po více než století. Jak proměnily studium této problematiky moderní sekvenační metody, které s sebou přinesly „záplavu dat“? Dozvíte se, jak tuto problematiku řešíme na Přírodovědecké fakultě UK.

12:00–13:30 Exkurze do laboratoří s bioinformatickým zaměřením a diskuse

Akci neorganizují Přírodovědci.cz, takže na ní nedostanete razítko do svého Deníku přírodovědce.

Horní obrázek: Srovnání trojrozměrné struktury proteinové domény u čtyž druhů organismů. Doména zvaná SH3 je důležitá pro přenos různých signálů v buňkách. Zdroj Tatárová et al. (2012): PLoS ONE 7(5): e36310. DOI: 10.1371/journal.pone.0036310. Licence Creative Commons Attribution License.